办理二类医疗器械备案凭证的流程如下：

准备材料：需要准备营业执照副本复印件、法定代表人或负责人身份证复印件、经营场所和仓库的产权证明或租赁合同复印件、经营场所和仓库的平面图、产品目录、质量管理制度文件等。此外，还需要准备企业基本情况、企业设施设备情况以及企业真实性保证材料等。

提交申请：将准备好的材料提交给所在地的药品监督管理部门，如市级药品监督管理局。提交申请时，需要按照要求填写申请表，并提交相关证明材料。

受理审核：药品监督管理部门收到申请后，将对提交的材料进行审核。审核通过后，药品监督管理部门将颁发二类医疗器械备案凭证。

领取备案凭证：通过审核后，您可以按照要求领取二类医疗器械备案凭证。