办理二类医疗器械备案需要准备以下资料：

第二类医疗器械经营备案表；

营业执照副本复印件；

法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件；

组织机构与部门设置说明；

经营范围、经营方式说明；

经营场所、库房地址的地理位置图、平面图、房屋产权证明文件或者租赁协议复印件；

经营设施、设备目录；

经营质量管理制度、工作程序等文件目录；

经办人授权证明。

此外，如果经营无菌医疗器械，需要提供生产环境检测报告。