二类医疗器械备案网上申报流程一般如下：

登录国家药品监督管理局网站，进入“网上办事大厅”。

在“网上办事大厅”页面中，选择“医疗器械备案”。

点击“在线申报”，填写相关信息，包括企业名称、统一社会信用代码、联系人、联系方式等。

上传备案所需的材料，包括产品说明书、技术要求、检验报告等。

提交申报后，系统会生成一个备案编号，用于后续的查询和跟踪。

在申报过程中，需要根据系统提示进行相关操作，如补充材料、修改信息等。

申报完成后，等待国家药品监督管理局的审核结果。一般情况下，审核周期为10个工作日左右。

审核通过后，可以在国家药品监督管理局网站上查询到备案信息。