软件著作权代理申请流程一般包括以下几个步骤：

第一步：选择合适的代理机构。在选择代理机构时，需要考虑其资质、经验、信誉和服务质量等方面，以确保申请过程顺利可靠。可以通过互联网搜索、咨询朋友或同行等方式获取相关信息。

第二步：准备申请材料。申请软件著作权需要提交一系列的材料，包括源代码、用户手册、设计文档等，这些材料需要完整、准确、清晰地提交给代理机构。同时，还需要填写相关的申请表格，提供申请人的基本信息和软件的详细信息。

第三步：提交申请。将准备好的申请材料提交给中国版权保护中心或者地方版权局。代理机构会协助完成这一步骤，包括填写申请表格、缴纳申请费用等。

第四步：审核与受理。版权保护中心或者地方版权局会对申请材料进行审核，确认软件的独创性和可版权性。如果申请材料符合要求，将会被受理并进入审查阶段。

第五步：审查与授权。在审查阶段，版权保护中心或者地方版权局会对软件的独创性进行深入的审查，包括对比市场上已有的类似软件、检查软件的创新性和独特性等。如果软件符合著作权法的相关规定，将会被授予软件著作权证书。

第六步：领取证书和维护权利。获得软件著作权证书后，需要注意维护自己的权益，包括对侵权行为进行打击、对侵权证据进行收集和保存等。同时，还需要定期对软件进行更新和维护，以确保其安全性和稳定性。

需要注意的是，软件著作权代理申请流程可能会因不同的代理机构而有所差异，上述流程仅供参考。我们在实际操作中，应该与代理机构进行充分的沟通和协商，以确保申请过程的顺利和效率。同时，权利人也应该了解和遵守著作权法的相关规定，确保自己的软件符合著作权法的保护要求。